Al final de la segunda legislatura de José Luis Rodríguez Zapatero (2008-2011), el entonces ministro de la Presidencia, Ramón Jáuregui, puso en marcha una Comisión de Expertos para el futuro del Valle de los Caídos, en cumplimiento de los compromisos de resignificación del monumento adquiridos en la Ley 52/2007. Tras cinco meses de reuniones, la Comisión entregó el 29 de noviembre de 2011 al Gobierno -en funciones, tras la victoria electoral del Partido Popular- un informe con recomendaciones.
Entre ellas cabe destacar la necesidad de articular amplios consensos y necesidad de una resignificación integral del monumento -que incluiría una instalación artística, la reestructuración de la jerarquía funeraria franquista y el cementerio, la instalación de un espacio cívico de duelo, y la puesta en marcha de un centro de interpretación.
El centro de interpretación sería un eje fundamental de la resignificación y debería estar destinado a explicar la complejidad del monumento en todos sus aspectos: su historia constructiva, el uso de mano de obra penada en su construcción, las empresas beneficiarias de dicha mano de obra, la simbología del conjunto, su conversión en Basílica, los traslados de más de treinta y tres mil restos mortales a sus criptas, la instalación de una jerarquía funeraria franquista tras el entierro de Francisco Franco, etcétera.
También recomienda atender las peticiones de exhumaciones en la medida de lo posible, y acometer una dignificación global del cementerio. En relación al desmantelamiento de la jerarquía funeraria franquista del monumento, aparte de la recomendación de exhumar y trasladar fuera del monumento los restos de Francisco Franco, se sugiere desplazar el de José Antonio Primo de Rivera a una cripta lateral. Se argumenta también la necesidad de modificar el estatuto jurídico del monumento y renegociar el convenio con la iglesia.
El informe fue aprobado por unanimidad de todos los miembros de la Comisión, salvo en la recomendación de exhumar a Franco, sobre la que hubo tres votos particulares de rechazo.