El informe de la Comisión de Expertos sobre el futuro del Valle de los Caídos de 2011 señalaba que “los restos de José Antonio Primo de Rivera, muerto en la guerra el 20 de noviembre de 1936 en alicante, fueron posteriormente inhumados en el Monasterio de El Escorial y, una vez finalizadas las obras del Valle de los Caídos [hoy Cuelgamuros], fueron trasladados a la Basílica de la Santa Cruz el 30 de marzo de 1959. Entre los más de treinta mil españoles allí enterrados e igualados por la muerte, se optó por destacar y dar preferencia sobre todos ellos a los restos de José Antonio Primo de Rivera que fueron inhumados en lugar central del altar mayor. A juicio de esta Comisión esta ubicación preferente quiebra el igual tratamiento debido a los restos de todas las personas allí enterradas”.
En las recomendaciones se especificaba que “por lo que se refiere a los restos de José Antonio Primo de Rivera, la Comisión entiende que, dada la igual dignidad de los restos de todos los allí enterrados, aquellos no deben ocupar un lugar preeminente en la Basílica”. Al contrario de lo que ocurrió con la exhumación de Franco, sobre la que hubo tres votos discrepantes, la Comisión fue unánime en esta recomendación.
Una vez exhumado Francisco Franco de la Basílica de Cuelgamuros el 24 de octubre de 2019, la Ley de Memoria Democrática de octubre de 2022 establecía, en su artículo 54.4. que “en el Valle de Cuelgamuros solo podrán yacer los restos mortales de personas fallecidas a consecuencia de la Guerra, como lugar de reconocimiento, conmemoración, recuerdo y homenaje a las víctimas allí inhumadas. Asimismo, se procederá a la reubicación de cualquier resto mortal que ocupe un lugar preeminente en el recinto”. Con ello se ponía en marcha el proceso de exhumación de José Antonio Primo de Rivera, el principal ideólogo del fascismo español.
La exhumación se produjo el 24 de abril de 2023. Aunque la Ley 20/2022 permitía su permanencia en un lugar no prioritario del monumento, junto con el resto de personas inhumadas en las criptas, su familia decidió trasladarlo al cementerio de San Isidro en Madrid, junto a otros familiares ya fallecidos. A pesar de la protesta de un reducido grupo de seguidores del líder fascista, el traslado no tuvo la repercusión pública ni mediática de la exhumación del dictador Francisco Franco. Con la salida de Primo de Rivera, queda desmantelada la jerarquía funeraria franquista del Valle de Cuelgamuros.
Estas exhumaciones que presidían Cuelgamuros han formado parte durante muchos años de las reclamaciones del movimiento memorialista del siglo XXI en España relativas a retirada de lugares de privilegio de los restos de los ideólogos, inductores y perpetradores del golpe de Estado de 1936 contra la Segunda República.
En este contexto, el Ayuntamiento de Pamplona impulsó en 2016 la exhumación de los generales golpistas Emilio Mola y José Sanjurjo de una cripta del Monumento a los Caídos de la ciudad. El Gobierno central ha gestionado la retirada de sus entierros de honor del dictador Franco Franco (2019) y José Antonio Primo de Rivera (2023) en Cuelgamuros, y del general Gonzalo Queipo de Llano en la Basílica de la Macarena en Sevilla (2022).