La creación de la Secretaría de Estado de Memoria Democrática (SEMD) en 2020 posibilitó el impulso del proceso técnico y administrativo necesario para llevar a cabo las exhumaciones en las criptas que un número importante de familiares había demandado desde hacía años. Como pasos previos, en 2010 se había llevado a cabo una prospección forense en las criptas que dio lugar al informe técnico-forense "Viabilidad de identificación en los enterramientos del Valle de los Caídos", encargado por el Ministerio de Justicia.
Hecho público en 2011, señalaba las dificultades técnicas que se presentaban, a causa del deterioro de las criptas. La Comisión de Expertos de ese mismo año, ya referida en esta cronología, se basaba en este informe para señalar también las dificultades de identificación, pero reconocía el derecho moral de los familiares que solicitaran las exhumaciones. En 2016, se dicta una sentencia judicial clave, que reconoce el derecho de los familiares de los hermanos Lapeña a la exhumación de sus restos.
La sentencia tuvo como consecuencia la solicitud por Patrimonio Nacional de informes técnicos de viabilidad. Entre ellos, cabe destacar el elaborado por el Comité Científico Técnico del Consejo Médico Forense, donde se establecía un procedimiento para llevar a cabo las exhumaciones y se especificaban las características del equipo técnico necesario. El Instituto Torroja del CSIC hizo a su vez siete visitas al monumento entre 2018 y 2019 para inspeccionar el estado constructivo de las criptas.
En su informe de 2019 señalaban que las obras a efectuar solo afectan a tabiques sin función estructural, y que los elementos estructurales no presentan signos de deterioro. En su exploración del interior de las criptas con videoscopio, se aprecian en muchos lugares las cajas funerarias en relativo buen estado dentro de una condición general de deterioro. A finales de 2020, el Consejo Médico Forense valida el procedimiento para efectuar las exhumaciones diseñado por el doctor Francisco Etxeberria, asesor de la SEMD, recomendando algunos ajustes.
A partir de 2020, Patrimonio Nacional reconoce el derecho de exhumación a todas las familias que lo han reclamado y cuya conexión con los cuerpos que hay en las criptas está acreditada. A finales de 2022, las solicitudes superan el centenar. Para poner en marcha el operativo arquitectónico y forense, la SEMD transfiere una partida económica a Patrimonio Nacional para sufragar las obras. El 22 de junio de 2021 el Consejo de Ministros aprobó la creación de una Comisión de trabajo para el asesoramiento forense de las exhumaciones. El de 12 de julio de ese año se firmó la resolución con los nombramientos para dicha comisión.
Entre finales de 2021 y finales de 2022, una serie de demandas judiciales contra el procedimiento administrativo de licencia de obras supusieron la suspensión cautelar de la intervención prevista. Tras una larga controversia judicial que incluyó el levantamiento de las medidas cautelares por parte del Tribunal Superior de Justicia de Madrid y la reactivación de la licencia por parte del Ayuntamiento de El Escorial, en diciembre de 2022 se pusieron en marcha los trabajos previos para las exhumaciones. En marzo de 2023 el Tribunal Supremo confirmó la anulación de las medidas cautelares que paralizaban las obras.
Estos trabajos consisten en la instalación de la infraestructura técnica y de seguridad necesaria (incluyendo un laboratorio para el trabajo forense in situ), la organización de los equipos humanos, y la delimitación de la zona en que se producirán las intervenciones. El plan de exhumación, autorizado por Patrimonio Nacional tras la petición de los familiares, es el más complejo de los que se han acometido en nuestro país y será largo en el tiempo, debido al estado de las criptas y al gran volumen de cuerpos inhumados.
Finalmente, las exhumaciones comenzaron el 12 de junio de 2023 el a Capilla del Santo Sepulcro. El 5 de julio se anunció el hallazgo en el nivel 0 de la capilla de la caja 198 con restos provenientes de dos fosas comunes situadas en Aldeaseca (originarios de Pajares de Adaja) y de Fuente el Saúz (originarios de Navalmoral de la Sierra), todos ellos civiles republicanos asesinados por falangistas durante el "terror caliente" de agosto de 1936. También se anunció la identificación genética de cuatro de las nueve personas reclamadas en esa caja. Posteriormente, se identificarán once de las doce víctimas de la caja.
El 20 de agosto de 2023 se entregaron a sus familiares los restos de las doce personas asesinadas encontradas en la caja 198 en un acto institucional en Pajares de Adaja, presidido por el ministro de la Presidencia, Relaciones con las Cortes y Memoria Democrática, Félix Bolaños.
Las personas identificadas genéticamente entregadas en dicha ceremonia eran Víctor Blázquez del Oso, Valerico Canales Jorge, Emilio Caro García, Román González Enríquez, Flora Labajos Labajos, Celestino Puebla Molinero y Pedro Ángel Sanz Martín (vecinos de Pajares de Adaja), y Gregorio Pérez del Peso, Raimundo Meneses Redondo, Rito Martín Redondo y Fernando Jiménez de la Parra (vecinos de Navalmoral de la Sierra). Otra persona de este último pueblo aún no ha sido identificada.