Tras la exhumación de la fosa común de Priaranza del Bierzo (León) en el año 2000 -en la que fueron hallados los restos de trece civiles republicanos ejecutados durante la guerra por paramilitares franquistas-, se puso en marcha un proceso que, más de veinte años después, ha dado como resultado la recuperación de los restos de más de 11.000 personas en unos 9500 enterramientos irregulares por todo el país, que responden a la represión que las tropas sublevadas contra la República ejercieron sobre la población civil en la guerra y la postguerra. La conexión de este proceso con el Valle fue temprana.
En 2003, Fausto Canales impulsó la exhumación de una fosa en Aldeaseca (Ávila) en la que se encontraba su padre y seis vecinos más de Pajares de Adaja, miembros de la Casa del Pueblo, que habían sido ejecutados por Falangistas en 1936. Una vez localizada la ubicación de la fosa, los arqueólogos descubrieron que había sido previamente excavada, y solo hallaron restos óseos dispersos y algunos objetos personales. Estos restos se enterraron conjuntamente en un panteón localizado en el cementerio de Pajares de Adaja. La investigación posterior del propio Canales dio como resultado el hallazgo de un acta de la exhumación que se llevó a cabo en 1959 para el traslado de los cuerpos al Valle de los Caídos.
El descubrimiento de que se habían trasladado fosas con republicanos a las criptas del Valle sin el permiso o conocimiento de sus familiares puso al monumento en el foco del interés del movimiento memorialista. Durante casi dos décadas, Canales ha tratado de que los restos de su padre y sus compañeros de fosa común salgan de las criptas del Valle, mediante la denuncia de los hechos en los medios de comunicación, por vía judicial y reclamando su derecho a decidir su lugar de entierro ante diferentes instancias.
En este mismo contexto, otros familiares de republicanos en la misma situación se han ido añadiendo con el paso de los años a estas reclamaciones. Es muy relevante la actividad que lleva a cabo la Asociación de Familiares Pro-Exhumación de los Republicanos del Valle, especializada en la gestión de estas reclamaciones y el apoyo a los demandantes.
Como hechos destacados, en el marco de un proceso largo y complejo, cabe señalar la sentencia de 2016 que autoriza el rescate de las criptas de los hermanos Manuel y Antonio Ramiro Lapeña Altabás, vecinos de Villarroya de la Sierra (Zaragoza) asesinados por agentes franquistas en Calatayud en 1936, así como el reconocimiento desde finales de 2020 por parte de Patrimonio Nacional del derecho a la exhumación de entorno a ciento cincuenta reclamantes en situaciones semejantes.