En 1958, cerca de la finalización e inauguración del monumento, se pone en marcha los mecanismos para dar solución a uno de los asuntos centrales del proyecto: el traslado de restos humanos de la Guerra Civil en proporción adecuada al gigantismo del monumento.
Aunque las primeras gestiones para organizar el traslado de cuerpos posiblemente se iniciaron en el verano de 1957, no fue hasta el 23 de mayo de 1958 cuando el entonces ministro de la Gobernación y Presidente del Consejo de las Obras del Monumento Nacional a los Caídos, Camilo Alonso Vega, remitió una circular a los Gobernadores Civiles solicitando que se recabara la colaboración de los “Alcaldes, Guardia Civil, Párrocos y Autoridades locales” para el traslado de cuerpos de la guerra al Valle.
En esta comunicación inicial se especifica que “se hace preciso adoptar las medidas necesarias para dar cumplimiento a una de las finalidades perseguidas por la erección de dicho Monumento: la de dar en él sepultura a quienes fueron sacrificados por Dios y por España y a cuantos cayeron en nuestra Cruzada, sin distinción del campo en que combatieran, según impone el espíritu cristiano de perdón que inspiró su creación, siempre que unos y otros fueran de nacionalidad española y religión católica”. El 10 de octubre de 1958 se creó una Comisión de traslados, presidida por Luis Carrero Blanco.
Publicada en los Boletines Oficiales provinciales, en los tablones de anuncios de los ayuntamientos y en principales periódicos nacionales y provinciales, y difundida por las ciudades y municipios, esta recluta de cadáveres llevó, con distinta escala e intensidad y según los registros oficiales del libro de muertos que custodian los benedictinos en el Valle, a 33.846 cuerpos al Valle entre el 17 de marzo de 1959 y el 3 de junio de 1983.
Se trata de la operación de movimiento de cadáveres de mayor escala en la historia del país, de gran complejidad política, funeraria y burocrática, de la que aún se conoce relativamente poco. Lo que sí sabemos fue que la selección de los cuerpos fue a menudo apresurada y poco cuidadosa, y se produjeron con toda probabilidad numerosos errores de identificación en origen.
Las investigaciones más recientes han detectado cinco fases en este traslado, que muestran las dificultades, las tensiones, las contradicciones y también las dificultades económicas que se derivaron de la decisión de trasladar de manera masiva los muertos de la guerra al Valle. Entre las paradojas, la oposición frontal que protagonizó la Asociación Oficial de Familiares de los Mártires de Madrid y su provincia, que rechazó el traslado de los cuerpos que yacían en el cementerio de mártires de Paracuellos al Valle.
La primera fase fue la más numerosa de todas y comprende entre el 17 de marzo y el 9 de abril de 1959. En estas primeras semanas llegaron 9.869 cuerpos provenientes de 45 de las 50 provincias del país, casi un tercio del total. La segunda etapa, entre mayo de 1959 y junio de 1960, estuvo marcada por un descenso en los traslados, calculados en 1.945, lo que obligó a replantear la estrategia inicial. En la tercera etapa, entre julio de 1960 y febrero de 1963 se modificaron las condiciones para favorecer los traslados desde grandes cementerios, civiles y militares, por lo que el flujo de cuerpos aumenta de manera sustancial llegando hasta 9.738 cuerpos. En la cuarta etapa, entre marzo de 1963 y abril de 1967 vuelven a descender los ingresos de cuerpos en el Valle hasta 6.918, a medida que se agotaban las fosas situadas en dichos cementerios. Finalmente, tras la disolución del Consejo de obras del Valle en mayo de 1967, hasta junio de 1983, cuando entra de manera aislada el último cuerpo en las criptas. En esta fase la gestión recae directamente en Patrimonio Nacional y, aunque entran más de 5.000 cuerpos en 47 días, hay varios años (1975-1981) sin actividad alguna.