El 29 de mayo de 1958, el Gobierno firma un convenio con la congregación de Silos para que un grupo de monjes benedictinos resida en la futura abadía. Serán ellos los encargados de recibir y custodiar los restos mortales de españoles fallecidos veinte años antes, y que serán inhumados en las capillas de la cripta. La primera anotación en el Libro de Registro es de 17 de marzo de 1959. Se trata de José Hernández Molina, procedente del cementerio de la Almudena en Madrid. Se le asigna el número 2 de orden, quizá debido a la prelación guardada hacia José Antonio Primo de Rivera, que será inhumado doce días después, y a quien se le adjudica el número 1. En la operación de identificación, recogida y traslado de restos en cajas individuales o colectivas intervienen ayuntamientos, gobiernos civiles y empresas funerarias de toda España.
En términos generales, los fallecidos del bando sublevado fueron inhumados con su filiación completa, la unidad a la que pertenecía en caso de ser militar, la causa de su muerte y el lugar de enterramiento, tal y como figura en el Libro de Registro. En los documentos oficiales figuran los encabezamientos “caídos por Dios y por España”, “mártires de la Cruzada”. No se usan términos que den a entender que la operación está destinada a los muertos de ambas zonas.
De hecho, ninguna persona leal al Gobierno constitucional republicano fue enterrada con honores. La mayoría de ellos figuran como desconocidos. La tramitación administrativa estuvo sometida a numerosas variables y produjo una variada casuística, sobre todo en los municipios de origen, a la hora de decidir los restos a trasladar al Valle, con frecuencia sin conocimiento o consentimiento por parte de las familias.
La iglesia abacial de la Santa Cruz del Valle de los Caídos logra la dignidad de basílica menor el 6 de junio de 1960. En nombre de Juan XXIII, el Prefecto de la Congregación de Ritos, Gaetano Cicognani, consagra el templo. En la década de los sesenta, el Valle será escenario de varios incidentes, protagonizados tanto por falangistas como por grupos antifranquistas.
Durante años, la propaganda oficial ha mostrado una imagen del monumento basada en la retórica de vencedores y vencidos. Sin embargo, esta cambia a mediados de los años sesenta, cuando España necesita abrirse al exterior. En la España desarrollista el Valle pasa a tener un carácter marginal en la vida pública. Será, incluso, un lugar incómodo para Franco en ocasiones puntuales, puesto que suele ser elegido como lugar de reunión por sectores del régimen críticos con el dictador.
La inauguración del funicular el 7 de julio de 1975 añadirá un nuevo aliciente al recinto, lugar de peregrinación religiosa y reclamo turístico en la sierra de Guadarrama.1959